陆上的数据中心往往建在电费便宜、气候凉爽、地广人稀的位置，因此往往远离人口密集区域，限制了访问速度。因为沿海地区人口密集，海底又凉快，微软想把数据中心建在海底，最近的一项专利申请则设想了如何保护数据的安全。
2014 年开始筹备的海底数据中心名为“纳提克项目”，名字来源于马萨诸塞州的地名。项目还处于原型机下水测试的阶段，但研究人员们已经在考虑更长远的维护问题。相比容易维护的陆上数据中心，更为自主的水下数据中心会面临一系列独特的挑战，比如潜艇和海洋动物的冲撞等。
早期数据中心的概念图。来自 MCKIBILLO
根据专利申请书，为了防止数据中心受到自然或人为的干扰，微软计划将数据中心伪装成珊瑚礁，以隐蔽于潜水员、潜艇和海洋生物的视线之外。同时，人工渔礁也可以为濒危的海洋生物提供庇护：数据中心可以提供温暖和分发营养物质，以吸引海洋生物的栖居。但研究人员也已经观察到，人工渔礁会改变附近天然珊瑚礁的生态，造成一些不利的影响。
2015 年 8 月 10 日，名为 Leona Philpot 的“胶囊”原型机在加州中部海岸下水测试。来自微软
为了将对环境的影响最小化，数据中心还配备有降噪的部件，减少对声音敏感的海洋生物的影响。同时还有一系列除污措施，可以自动清理表面的污垢，以防止数据中心过热。当数据中心需要维护或退役时，人工渔礁外壳将留在海底，继续保护海洋生物的使命。
当然仅仅隐蔽是不足以防范外来威胁的，于是微软在另一份专利中描述了数据中心的入侵检测系统。它包含多个传感器，从这些传感器中接收数据并分析异常。一旦检测到入侵行为，就会发送网络提醒，转移数据，并使本地数据无法访问。但专利中只提到入侵的检测，主动防御的技术目前还没有涉及到。
水下数据中心的优点在于，世界上大部分人口生活在沿海地区，建在海洋中有利于提供更紧密的联系。而建在水面面临着更多的风险，如恶劣的天气、海洋漂浮物等。水面上的数据中心也更容易被发现，被破坏的风险较高。而建在水底，不仅省下一大笔空调费用，还可能使用潮汐能发电。
此外，出于安全性的考虑，一些政府希望数据不要存储在他国，在国际水域建数据中心可能也是一个选择。