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为了保障飞行安全，特别是在起飞降落阶段，需要在相应的区域内为飞机持续创造一个干净的空域，这就是净空保护区域。依照相关法规，民用机场净空保护区域为每条跑道两端20公里、两侧10公里范围。
首都机场有3条跑道，净空保护区呈南北长、东西窄的近似矩形。其西北角为怀柔区怀北镇北台子村、东北角为怀柔区杨宋镇安乐庄村、东南角为通州区潞城镇七级村、西南角为朝阳区南磨房乡南大山子村，总面积约1057.6平方千米，约为5环面积的1.5倍。
首都机场的净空保护区域范围如下：
顺义区
胜利街道、光明街道、石园街道、仁和镇、后沙峪镇、天竺镇、南法信镇、马坡镇、牛栏山镇、高丽营镇、李桥镇、赵全营镇、南彩镇、北小营镇、北石槽镇、双丰街道、旺泉街道、空港街道
朝阳区
首都机场街道、金盏镇、孙河镇、东坝镇、常营回族地区、豆各庄、高碑店地区、三间房地区、管庄、平房乡、望京街道、酒仙桥街道、六里屯街道、八里庄街道、将台地区、东风地区、来广营地区
通州区
永顺镇、宋庄镇、潞城镇、梨园地区、北苑街道、玉桥街道、中仓街道
怀柔区
杨宋镇、庙城镇、桥梓镇
昌平区
小汤山镇、北七家镇、兴涛镇
上图为首都机场净空保护区域，红色实线围成的区域为净空保护区范围，首都机场也希望同相关无人机厂商、无人机协会等单位以及广大无人机爱好者共同维护好此区域内的净空安全环境。