全国股转系统数据显示，截至2016年12月19日，新三板挂牌公司数量达10000家，总股本5698亿股，总市值约3.87万亿元。2013年全国股转系统揭牌运营以来，共有3784家挂牌公司完成5659次股票发行，融资2525.84亿元，平均单次发行融资4463.40万元。其中，2016年以来挂牌公司完成2705次股票发行，融资1167.56亿元，平均单次发行融资4316.29万元。挂牌公司累计披露重大资产重组和收购537次，合计交易金额884.41亿元；其中2016年以来挂牌公司披露并购重组308次，交易金额523.65亿元。
从挂牌企业的构成来看，中小微企业合计占94.61%，平均成立年限9.85年。挂牌公司中高新技术企业占比65%，先进制造业、现代服务业占比合计72%，战略性新兴产业占比25%。2014年、2015年、2016年上半年，挂牌公司(剔除金融业)平均营业收入同比分别增长10.86%、17.33%、18.39%，平均净利润同比分别增长23.55%、34.61%、21.44%。与此同时，新三板市场也是多层次资本市场中改革最为迅速的板块。资料显示，今年以来，股转系统先后推出了《新三板分层管理办法(试行)》、《新三板终止挂牌实施细则(意见稿)》。12月13日，全国股转公司发布私募机构做市业务试点首批10家入围机构名单，私募做市近在咫尺。
北京新鼎荣盛资本管理有限公司董事长、总经理张驰认为，新三板一跃成为全球挂牌数量最多的股权交易市场，下一步就是质的提高。
流动性困境是新三板市场目前面临的最为尴尬的“成长的烦恼”。股转系统数据显示，2016年以来，新三板挂牌公司累积成交仅1772亿元，其中，做市成交累计为904亿元。WIND统计数据则显示，2016年以来，仅有2183家有协议转让成交，其中成交金额在亿元以上的只有128家；仅有1605家(包括协议转做市的56家企业)有做市转让成交，其中成交金额在亿元以上的仅有163家。也就是说，一万家挂牌企业中，有超过6成企业挂牌以来无人问津，绝大多数挂牌企业在挂牌之后股票并没有流动性。
业内人士普遍呼吁，尽快推出新三板市场流动性一揽子解决方案。企巢新三板学院院长程晓明表示，新三板市场发展到现在，交易始终不活跃，为了解决融资的问题，就必须解决交易的问题。
全国股转公司监事长邓映翎表示，新三板挂牌公司规范程度较低，投资机构盈利模式不清晰，这决定了其流动性不可能高。只有大浪淘沙，让新三板公司接近可以做IPO的程度，这个时候才敢放低门槛，让大量的投资人进来买股票，新三板的功能才会发生大的转变。